全州现有17个民族乡(含2个享受民族乡待遇的镇),分别为:麻江县坝芒布依族乡、麻江县贤昌镇(2013年2月,由贤昌布依族乡撤乡设镇)、麻江县谷硐镇(2013年2月,由景阳布依族乡和谷硐镇合并建镇)、镇远县尚寨土家族乡、岑巩县羊桥土家族乡、黎平县顺化瑶族乡、黎平县雷洞瑶族水族乡、从江县翠里瑶族壮族乡、从江县刚边壮族乡、从江县秀塘壮族乡、榕江县塔石瑶族水族乡、榕江县定威水族乡、榕江县兴华水族乡、榕江县水尾水族乡、榕江县三江水族乡、榕江县仁里水族乡、雷山县达地水族乡。
截至2023年底,全州共有宗教团体4个,其中全州性宗教团体3个,县(市)宗教团体1个(即黔东南州佛教协会、黔东南州基督教三自爱国运动委员会、黔东南州基督教协会、凯里市天主教爱国会)。全州登记开放宗教活动场所为40处。